Doğu yönündeki büyük eyvan kemerinin altındaki kitabeye göre, medresenin yapımına H. 590 (1193-1194) yılında Ebu Muzaffer Sökmen II. döneminde başlanmıştır. Mihrabın hemen batısında, pencere üzerinde bulunan beyaz taşa yazılmış iki satırlık kitabede ise, medresenin H. 620 (1222-1223) yılında Melik Mesud lakaplı Mevdud zamanında tamamlandığı belirtilmektedir.
Ulu Cami’nin kuzeyinde yer alan yapı, siyah bazalt taştan inşa edilmiş olup kare planlıdır. Medrese, açık avlulu, revaklı ve iki katlı bir plan şemasına sahiptir. Yapıya, kuzeydeki taç kapıdan veya Ulu Cami’nin avlusuna açılan kapıdan giriş yapılmaktadır.
